Darüber hinaus lag ihm besonders die Zukunft der Wissenschaft in Deutschland am Herzen. 1948 rief er einen Gesprächskreis ins Leben, der als Keimzelle der „Notgemeinschaft der deutschen Wissenschaft“, dem Vorläufer des Stifterverbandes, gelten kann. „Es gibt keinen besseren Weg, dem sozialen Aufbau unseres Zeitalters gerecht zu werden, als durch die Förderung von Forschung und Lehre“, schrieb er. Da dem Staat das nötige Geld dafür fehlte, verlangte Merton mit der ihm eigenen moralischen Strenge von der Wirtschaft, sich über den Stifterverband für die Wissenschaft einzusetzen. „Wer sich von dieser steuerabzugsfähigen Förderung ausschließt, der drückt sich vor einer Verantwortung, die jeder der Allgemeinheit und sich selbst gegenüber hat.“ Ein Stifter, der sich als Mäzen im klassischen Sinn fühlen wolle, denke dabei weniger an den Eigen- als an den Gemeinnutz seiner Stiftung. So helfe man, kulturelle Werte zu erhalten und zu erschaffen. Und gerade dieser kulturelle Wert sei „ein unentbehrlicher Beitrag zur Erhöhung des Lebensstandards“.